琼脂糖凝胶回收试剂盒的应用

背景^[1-3]

琼脂糖凝胶回收试剂盒是一种用于从DNA琼脂糖凝胶中回收目的DNA的试剂盒。

试剂盒采用了融胶液，可以使琼脂糖凝胶完全融化。同时采用了一种新型的离子交换柱，在特定条件下，使DNA能在离心过柱的瞬间，结合到DNA纯化柱上，在一定条件下又能将DNA充分洗脱，从而实现DNA的快速纯化。无需酚氯仿抽提，无需酒精沉淀，通常12个样品只需不足20分钟即可完成。每个DNA纯化柱可以结合的DNA量的上限约为15微克。

琼脂糖凝胶回前后对比图

适用于从DNA琼脂糖凝胶(agarose gel)电泳后割取的含有目的DNA的凝胶块中快速提取DNA。该目的DNA通常为PCR产物、质粒DNA酶切出来的DNA片段、超螺旋质粒DNA单酶切后的线性化产物和DNA连接产物等。

琼脂糖凝胶回收试剂盒适用于纯化100bp-10kb DNA。长至30个碱基的引物均可被完全去除。DNA回收效率通常为60-90%。接近100bp或10kb的DNA片段回收效率要略低一些，大于10kb的DNA回收效率迅速下降。另外如果样品中DNA含量特别低也会导致回收效率下降。

琼脂糖凝胶回收试剂盒纯化所得DNA可直接用于酶切，连接，转化细菌，测序，PCR，杂交等后续操作。

应用^[4][5]

用于类病毒cDNA体外连接产物回收中出现的非特异条带原因探究

通过琼脂糖凝胶电泳分析和回收啤酒花矮化类病毒（Hop Stunt viroid,HSVd）cDNA体外连接产物中二聚体时,常发现回收的二聚体产物中有单倍体和其他非目标条带存在,这种现象目前尚未报道,为了明确该现象发生的原因。

结果如下:1.分别通过PCR扩增和体外连接获得HSVd cDNA单倍体、二倍体及二倍体以上的多聚体片段混合产物样品,通过琼脂糖凝胶电泳回收其中的二聚体,回收产物再经过聚丙烯酰铵凝胶（Polyacrylamide acrylamide gel,PAGE）电泳,结果显示,除了二聚体外,从两种产物中还回收到了单倍体和其他非目标条带。

2. 通过体外连接,获得桃潜隐花叶类病毒（Peach latent mosaic viroid,PLMVd）三个分离物和真菌TP-3-1延伸因子的单倍体、二倍体及二倍体以上的多聚体片段混合产物样品,然后通过琼脂糖凝胶电泳回收其二聚体,结果显示,对4个样品回收的二聚体产物中均存在单倍体和其他非目标条带。结果表明这种现象不仅存在HSVd的cDNA中,而且也存在于其他类型的DNA中,是一种普遍现象。

3.选取通过PCR获得的HSVd cDNA单倍体、二倍体及二倍体以上的多聚体片段混合产物,使用4种不同品牌的琼脂糖凝胶回收试剂盒回收其二聚体,回收产物经PAGE电泳,结果显示回收产物中除二聚体外均有单倍体和非目标条带,表明这种非特异反应与选用的胶回收试剂盒品牌无关。

参考文献

[1]A rapid and efficient procedure for the purification of DNA from agarose gels.S.C.Girvitz,S.Bacchetti,A.J.Rainbow,F.L.Graham.Analytical Biochemistry.1980

[2]Activation and Repression at the Escherichia coli ynfEFGHI Operon Promoter.Meng Xu,Stephen J.W.Busby,Douglas F.Browning.Journal of Bacteriology.2009

[3]Fangman W L.Nucleic Acids Research.1978

[4]A reliable method for the recovery of DNA fragments from agarose and acrylamide gels.Dretzen G,Bellard M,Sassone-Corsi P,et al.Analytical Biochemistry.1981

[5]刘森.类病毒cDNA体外连接产物回收中出现的非特异条带原因探究[D].华中农业大学,2016.