全基因组低覆盖度重测序的应用

背景及概述^[1]

对已有参考基因组序列的物种进行个体或群体全基因组测序称为全基因组重测序。全基因组重测序结果与已有参考基因组序列进行比对，检测出全基因组范围的单核苷酸多态、插入缺失突变、拷贝数变异和机构变异等变异信息，获得个体或群体分子遗传特征，进行动物重要经济性状候选基因预测及遗传进化分析，广泛应用于遗传变异检测、性状基因定位、遗传图谱构建和遗传进化研究。全基因组重测序数据分析最关键的一步在于序列比对，将重测序所得的reads序列与已有的参考基因组序列进行相似性比较，比对过程一般按两步进行：首先归类整理reads数据或参考基因组序列，然后用适当算法比对和定位reads序列。全基因组低覆盖度重测序是全基因组重测序的一种。

测序指标^[1]

全基因组低覆盖度重测序是全基因组重测序的一种。测序深度和测序覆盖度是评价测序量的两个重要指标：测序深度是评价样本测序量的一个指标，指测序获取的碱基总量与基因组大小的比值。测序深度越大，出现假阳性结果的概率越小。如果待测序个体采用的是双末端测序法，测序深度需要控制在50X～100X以上，才能保证基因组覆盖度和控制测序错误率。测序覆盖度指基因组被测序得到的碱基覆盖的比例，反映测序的随机性，且其与测序深度之间存在正相关关系，通过Lander－WatermanModel可以确定测序深度与覆盖度间的具体关系。

应用^[2]

有实验应用全基因组低覆盖度重测序及目标区域捕获测序技术探讨胎儿先天性心脏病基因型-临床表型之间的关联性，旨在为先天性心脏并遗传学咨询发病机制研究提供信息。方法是入选2012年9月-2015年6月间北京安贞医院胎儿心脏病母胎医学会诊中心数据库标本62例，按区段胚胎学分类法分型后，收集心肌等组织送华大基因公司利用全基因组低覆盖度重测序(～1X)检测染色体缺失重复，目标区域捕获测序检测先心病相关基因的单核苷酸变。

主要参考资料

[1]全基因组重测序及其在动物育种的研究进展

[2]胎儿先天性心脏病的全基因组低覆盖度测序及目标区域捕获测序研究